生合成経路探索

生合成経路探索では、目的化合物をバイオ生産するための生合成経路を探索します。経路に含まれる未知の酵素反応については、データベース中の既知の酵素反応との類似度を計算し、実現可能性の高い生合成経路を選抜します。

digzyme Moonlight™

digzyme Moonlight™は、目的の化合物に対して、そのバイオ合成経路や 必要となる酵素反応の探索、発見した酵素の in silico 活性評価を行うバイオプロセスデザインの統合開発プラットフォームです。

digzyme Spotlight™

digzyme Spotlight™は、対象酵素のアミノ酸配列を入力データとして、 機械学習モデルを用いて変異体の各種プロパティ（活性、耐熱性、可溶性、安定性）を予測する酵素機能改良プラットフォームです。

類似反応探索

類似反応探索では、触媒酵素が未知の化学反応に対して、その反応を触媒可能な酵素を探索します。基質化合物と生産化合物の情報から、データベース中の該当する類似酵素反応を一覧で取得し、対応する酵素遺伝子を探索します。

類似酵素探索

類似酵素探索では、ご希望の酵素に対して、オープンデータベースに含まれる数十億のタンパク質から系統的・機能的に類似した酵素を探索します。特定種に絞った探索や、逆にターゲットを絞らない広域な探索も可能です。

メタゲノム解析

メタゲノム解析では、目的のタンパク質配列に類似したタンパク質配列を広大な配列空間を持つメタゲノムデータの中から抽出します。タンパク質のアミノ酸配列から、相同性やドメインの共通性を元にした類似配列を探索します。

構造モデリング

立体構造モデリングでは、３次元構造が決定されていないタンパク質に対して、その３次元構造を予測します。対象のタンパク質の１次配列情報から最適な予測手法を用いて３次元構造を推定し、PDBデータとして生成します。

酵素活性ポケット予測

酵素活性ポケット予測では、ご指定の酵素の立体構造から基質が結合するポケットの位置を予測します。入力に必要な酵素の立体構造には、公開データもしくは一次配列から予測した構造を利用できます。

酵素-基質ドッキング

酵素-基質ドッキングでは、ご指定の酵素と基質がどのような複合体を形成しているかをドッキングにより解析します。酵素と基質の位置関係を統計的に解析することで、その基質が対象の酵素で反応するかを判断できます。

MolecularDynamics

MolecularDynamicsでは、ご指定の酵素-基質複合体の動きを　分子動力学法によりシミュレーションします。ポケットの中での基質のとりうる配置や、基質結合によるタンパク質構造の変化を追跡します。

PolymerDynamics

PolymerDynamicsでは、ご指定の酵素とポリマー化合物の親和性を予測します。分子動力学法によって生成されたトラジェクトリから、相互作用エネルギーの指標を算出し、反応性を評価します。

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